流感病毒与敏感的呼吸道上皮细胞接触时很快依靠其表层的血凝素吸附于细胞表面的特异受体,病毒包膜和细胞膜融合,使细胞外层发生间隙,同时病毒在细胞外脱去外膜(脱衣),将病毒内核基因直接经细胞间隙,进入细胞浆内,在病毒体rna转录酶和细胞rna多聚酶的参与下,进行病毒复制与繁殖,然后各种病毒成份移行至细胞膜进行装配,成熟后被隆起的细胞膜包围,形成新的有感染性的病毒体,病毒脱离细胞表面后又可以同样方式侵入邻近上皮细胞,使呼吸道发生炎性病症病情严重者病毒可经淋巴及血循环侵入其他组织器官,但一般很少发生病毒血症虽然也有学者报告从脑、心、肌肉等组织中分离到流感病毒
